韦恩图2

作者

[编辑] 郑虎;

[审核] .

修改于

2026-01-27

注记

Hiplot 网站

本页面为 Hiplot Venn2 插件的源码版本教程，您也可以使用 Hiplot 网站实现无代码绘图，更多信息请查看以下链接:

https://hiplot.cn/basic/venn2?lang=zh_cn

维恩图是一种表示不同有限集合之间所有可能的逻辑关系的图。这些图将集合内元素描述为平面上的点，将集合描述为封闭曲线内的区域。维恩图由多个重叠的闭合曲线 (通常是圆) 组成，每个曲线代表一个集合。标记为S曲线内的点表示集合 S 中的元素，而边界外的点表示集合 S 中不存在的元素。例如，两个集合中的所有元素的交集，S∩T，在视觉上用集合 S 和 T 的重叠区域来表示。在维恩图中，曲线以各种可能的方式重叠，显示了集合之间所有可能的关系。

环境配置

系统: Cross-platform (Linux/MacOS/Windows)
编程语言: R
依赖包: data.table; jsonlite; venn

# 安装包
if (!requireNamespace("data.table", quietly = TRUE)) {
  install.packages("data.table")
}
if (!requireNamespace("jsonlite", quietly = TRUE)) {
  install.packages("jsonlite")
}
if (!requireNamespace("venn", quietly = TRUE)) {
  install.packages("venn")
}

# 加载包
library(data.table)
library(jsonlite)
library(venn)

sessioninfo::session_info("attached")

─ Session info ───────────────────────────────────────────────────────────────
 setting  value
 version  R version 4.5.2 (2025-10-31)
 os       Ubuntu 24.04.3 LTS
 system   x86_64, linux-gnu
 ui       X11
 language (EN)
 collate  C.UTF-8
 ctype    C.UTF-8
 tz       UTC
 date     2026-01-28
 pandoc   3.1.3 @ /usr/bin/ (via rmarkdown)
 quarto   1.8.27 @ /usr/local/bin/quarto

─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────
 package    * version date (UTC) lib source
 data.table * 1.18.0  2025-12-24 [1] RSPM
 jsonlite   * 2.0.0   2025-03-27 [1] RSPM
 venn       * 1.12    2024-01-08 [1] RSPM

 [1] /home/runner/work/_temp/Library
 [2] /opt/R/4.5.2/lib/R/site-library
 [3] /opt/R/4.5.2/lib/R/library
 * ── Packages attached to the search path.

──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────

数据准备

载入数据为 5 个含有基因名称的集合。

# 加载数据
data <- data.table::fread(jsonlite::read_json("https://hiplot.cn/ui/basic/venn2/data.json")$exampleData[[1]]$textarea[[1]])
data <- as.data.frame(data)

# 整理数据格式
data_venn <- as.list(data)
data_venn <- lapply(data_venn, function(x) {
  x[is.na(x)] <- ""
  x <- x[x != ""]
  return(x)
})

# 查看数据
head(data)

     Set1      Set2     Set3      Set4    Set5
1   ISG15      HES5     DVL1   MATP6P1 FAM132A
2  TTLL10  AURKAIP1 ARHGEF16   MIR551A    AGRN
3    HES4 LINC00982   OR4F16  C1orf222 WBP1LP6
4  OR4G4P    FAM87B      SKI   MIR200B  KLHL17
5 MND2P28       SKI   WASH7P LINC00115  FAM41C
6  FAM87B     GABRD    MEGF6    ATAD3B   PANK4

可视化

# 韦恩图2
col <- c("#E64B35FF","#4DBBD5FF","#00A087FF","#3C5488FF","#F39B7FFF")
venn(x=data_venn, opacity=0.8, ggplot=F, ilabels = TRUE, zcolor=col, box=F)
title(main = "Vene Plot (5 sets)", line = -1)

5 种颜色的闭合曲线代表 5 个集合，数字表示多个集合重叠或者未重叠的基因数，例如：示例图中 8 代表 5 个示例集合中均含有 8 个相同的基因名称。