鱼形图

作者

[编辑] 郑虎;

[审核] .

克隆演化分析。

环境配置

系统: Cross-platform (Linux/MacOS/Windows)
编程语言: R
依赖包: data.table; jsonlite; fishplot

# 安装包
if (!requireNamespace("data.table", quietly = TRUE)) {
  install.packages("data.table")
}
if (!requireNamespace("jsonlite", quietly = TRUE)) {
  install.packages("jsonlite")
}
if (!requireNamespace("fishplot", quietly = TRUE)) {
  install_github("chrisamiller/fishplot")
}

# 加载包
library(data.table)
library(jsonlite)
library(fishplot)

数据准备

# 加载数据
data <- data.table::fread(jsonlite::read_json("https://hiplot.cn/ui/basic/fishplot/data.json")$exampleData$textarea[[1]])
data <- as.data.frame(data)

# 查看数据
head(data)

  timepoints parents sample.name event1 event2 event3 event4
1          0       0     Sample1    100      2      2     98
2         30       1     Sample1     45      0      0      0
3         75       1     Sample1      0      0      2     95
4        150       3     Sample1      0      0      1     40

timepoints：为矩阵的每一列指定时间点
parents：指定克隆之间的父母关系
samplename：样品名称（支持多个样品）
other：包含所有时间点所有克隆的肿瘤比例估计值的数值矩阵

可视化

## 创建一个 fish 对象
fish = createFishObject(as.matrix(data[,4:7]), parents=data$parents, 
                        timepoints=data$timepoints, 
                        col = c("#888888","#e8130c","#f8150d","#55158f"))
## 计算绘图的布局
fish = layoutClones(fish)
## 使用 splining 方法绘制图（推荐），并提供标签和绘图标题的时间点
fishPlot(fish,shape="spline", title.btm="Sample1", title = "Fishplot",
         cex.title=1, vlines=c(0,30,75,150), 
         vlab=c("Day 0","Day 30","Day 75","Day 150"))