鱼形图

作者

[编辑] 郑虎;

[审核] .

修改于

2026-01-27

注记

Hiplot 网站

本页面为 Hiplot Fishplot 插件的源码版本教程，您也可以使用 Hiplot 网站实现无代码绘图，更多信息请查看以下链接:

https://hiplot.cn/basic/fishplot?lang=zh_cn

克隆演化分析。

环境配置

  • 系统: Cross-platform (Linux/MacOS/Windows)

  • 编程语言: R

  • 依赖包: data.table; jsonlite; fishplot

# 安装包
if (!requireNamespace("data.table", quietly = TRUE)) {
  install.packages("data.table")
}
if (!requireNamespace("jsonlite", quietly = TRUE)) {
  install.packages("jsonlite")
}
if (!requireNamespace("fishplot", quietly = TRUE)) {
  remotes::install_github("chrisamiller/fishplot")
}

# 加载包
library(data.table)
library(jsonlite)
library(fishplot)
sessioninfo::session_info("attached")
─ Session info ───────────────────────────────────────────────────────────────
 setting  value
 version  R version 4.5.2 (2025-10-31)
 os       Ubuntu 24.04.3 LTS
 system   x86_64, linux-gnu
 ui       X11
 language (EN)
 collate  C.UTF-8
 ctype    C.UTF-8
 tz       UTC
 date     2026-01-28
 pandoc   3.1.3 @ /usr/bin/ (via rmarkdown)
 quarto   1.8.27 @ /usr/local/bin/quarto

─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────
 package    * version date (UTC) lib source
 data.table * 1.18.0  2025-12-24 [1] RSPM
 fishplot   * 0.5.2   2025-11-02 [1] Github (chrisamiller/fishplot@3336c93)
 jsonlite   * 2.0.0   2025-03-27 [1] RSPM

 [1] /home/runner/work/_temp/Library
 [2] /opt/R/4.5.2/lib/R/site-library
 [3] /opt/R/4.5.2/lib/R/library
 * ── Packages attached to the search path.

──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────

数据准备

# 加载数据
data <- data.table::fread(jsonlite::read_json("https://hiplot.cn/ui/basic/fishplot/data.json")$exampleData$textarea[[1]])
data <- as.data.frame(data)

# 查看数据
head(data)
  timepoints parents sample.name event1 event2 event3 event4
1          0       0     Sample1    100      2      2     98
2         30       1     Sample1     45      0      0      0
3         75       1     Sample1      0      0      2     95
4        150       3     Sample1      0      0      1     40

  • timepoints：为矩阵的每一列指定时间点

  • parents：指定克隆之间的父母关系

  • samplename：样品名称（支持多个样品）

  • other：包含所有时间点所有克隆的肿瘤比例估计值的数值矩阵

可视化

## 创建一个 fish 对象
fish = createFishObject(as.matrix(data[,4:7]), parents=data$parents, 
                        timepoints=data$timepoints, 
                        col = c("#888888","#e8130c","#f8150d","#55158f"))
## 计算绘图的布局
fish = layoutClones(fish)
## 使用 splining 方法绘制图（推荐），并提供标签和绘图标题的时间点
fishPlot(fish,shape="spline", title.btm="Sample1", title = "Fishplot",
         cex.title=1, vlines=c(0,30,75,150), 
         vlab=c("Day 0","Day 30","Day 75","Day 150"))
图 1: 鱼形图