滑珠图

作者

[编辑] 郑虎;

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滑珠图是一种珠子在柱上滑行的图形，是条形图与散点图的叠加。

环境配置

  • 系统: Cross-platform (Linux/MacOS/Windows)

  • 编程语言: R

  • 依赖包: data.table; jsonlite; ggpubr

# 安装包
if (!requireNamespace("data.table", quietly = TRUE)) {
  install.packages("data.table")
}
if (!requireNamespace("jsonlite", quietly = TRUE)) {
  install.packages("jsonlite")
}
if (!requireNamespace("ggpubr", quietly = TRUE)) {
  install.packages("ggpubr")
}

# 加载包
library(data.table)
library(jsonlite)
library(ggpubr)

数据准备

载入数据为基因名称及其对应的基因表达值和分组。

# 加载数据
data <- data.table::fread(jsonlite::read_json("https://hiplot.cn/ui/basic/dotchart/data.json")$exampleData$textarea[[1]])
data <- as.data.frame(data)

# 查看数据
head(data)
      Name Value  Group
1     BMP2  18.7 Group1
2     XIST  14.3 Group1
3 C19orf38  16.4 Group1
4    PDZD3  17.3 Group1
5   MAPRE2  15.2 Group1
6     IRF4  10.4 Group1

可视化

# 滑珠图
p <- ggdotchart(data, x = "Name", y = "Value", group = "Group", color = "Group",
                rotate = T, sorting = "descending",
                y.text.col = F, add = "segments", dot.size = 2) +
  xlab("Name") +
  ylab("Value") +
  ggtitle("DotChart Plot") +
  scale_color_manual(values = c("#e04d39","#5bbad6","#1e9f86")) +
  theme_classic() +
  theme(text = element_text(family = "Arial"),
        plot.title = element_text(size = 12,hjust = 0.5),
        axis.title = element_text(size = 12),
        axis.text = element_text(size = 10),
        axis.text.x = element_text(angle = 0, hjust = 0.5,vjust = 1),
        legend.position = "right",
        legend.direction = "vertical",
        legend.title = element_text(size = 10),
        legend.text = element_text(size = 10))

p
图 1: 滑珠图

每种颜色表示不同的分组，能够直观了解不同基因表达值的差异。