有向无环图

作者

[编辑] 郑虎;

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有向无环图可视化。

环境配置

系统: Cross-platform (Linux/MacOS/Windows)
编程语言: R
依赖包: ggdag

# 安装包
if (!requireNamespace("ggdag", quietly = TRUE)) {
  install.packages("ggdag")
}

# 加载包
library(ggdag)

数据准备

# 加载数据
tidy_ggdag <- dagify(
  y ~ x + z2 + w2 + w1,
  x ~ z1 + w1 + w2,
  z1 ~ w1 + v,
  z2 ~ w2 + v,
  w1 ~ ~w2, # bidirected path
  exposure = "x",
  outcome = "y") %>%
  tidy_dagitty()

# 查看数据
head(tidy_ggdag)

$data
# A tibble: 13 × 8
   name        x      y direction to       xend   yend circular
   <chr>   <dbl>  <dbl> <fct>     <chr>   <dbl>  <dbl> <lgl>   
 1 v     -0.249   1.39  ->        z1    -1.42    0.657 FALSE   
 2 v     -0.249   1.39  ->        z2     0.497   0.179 FALSE   
 3 w1    -1.34   -0.793 ->        x     -0.959  -0.259 FALSE   
 4 w1    -1.34   -0.793 ->        y     -0.303  -1.16  FALSE   
 5 w1    -1.34   -0.793 ->        z1    -1.42    0.657 FALSE   
 6 w1    -1.34   -0.793 <->       w2    -0.0154 -0.627 FALSE   
 7 w2    -0.0154 -0.627 ->        x     -0.959  -0.259 FALSE   
 8 w2    -0.0154 -0.627 ->        y     -0.303  -1.16  FALSE   
 9 w2    -0.0154 -0.627 ->        z2     0.497   0.179 FALSE   
10 x     -0.959  -0.259 ->        y     -0.303  -1.16  FALSE   
11 y     -0.303  -1.16  <NA>      <NA>  NA      NA     FALSE   
12 z1    -1.42    0.657 ->        x     -0.959  -0.259 FALSE   
13 z2     0.497   0.179 ->        y     -0.303  -1.16  FALSE   

$dag
dag {
v
w1
w2
x [exposure]
y [outcome]
z1
z2
v -> z1
v -> z2
w1 -> x
w1 -> y
w1 -> z1
w1 <-> w2
w2 -> x
w2 -> y
w2 -> z2
x -> y
z1 -> x
z2 -> y
}

可视化

# 有向无环图
p <- ggdag(tidy_ggdag) +
  theme_dag() 

p