生信爱好者周刊（第 96 期）：如何取得杰出成就¶

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封面图¶

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本周话题：如何取得杰出成就 ¶

取得伟大成就的因素在字面上，数学上是因素，它们是：能力、兴趣、努力和运气。运气是我们无法左右的，所以可以忽略它；并且，如果确实想要取得伟大成就，我们可以假设每个人都很努力；所以问题归结为能力和兴趣 —— 我们能否找到一种工作，将自己的能力和兴趣结合起来，让新想法迸发？我们有乐观的理由。有很多不同的方式来取得伟大成就，与此同时，还有更多的方式还未被发现。在所有这些不同类型的工作中，我们最适合的那一种可能是非常接近的匹配，可能是一个滑稽的接近的匹配 —— 这其中只有一个问题，我们要找到它，以及我们的能力和兴趣能带自己走多远 —— 我们只能通过尝试来回答这个问题。

@JnanZhang：”一直走或跑同样的路线可能有所帮助，因为这给思考留出更多注意力。”

生信研究¶

1、Genome Medicine | 包含空间信息的肝癌多区域测序新策略，揭示空间异质性和分子异质性关联

上海交通大学附属仁济医院团队联合华中科技大学附属同济医院团队提出了一种空间定位抽样（SLS）策略，该策略可以在二维（2D）空间中记录每个采样点的坐标。研究团队开发了标准化多样性评分，可以减少抽样偏差。同时，研究团队还开发了一种计算方法用于定量检测这种异质性，从而直接比较不同特征的ITH程度。结果显示，SLS方法可以揭示空间和分子异质性之间的显著关联。 - 论文链接：https://genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13073-022-01143-6

2、Science | 综述：空间组学技术概览与展望

空间组学是继单细胞测序技术之后的又一个生物技术研究热点，其能够弥补单细胞测序技术无法获取细胞空间分布信息的缺陷，本技术主要研究细胞在组织样品中的相对位置关系，用于揭示细胞空间分布关系对疾病的影响，主要检测蛋白质及其修饰或mRNA。虽然该领域在过去的5年里发展迅猛，但仍然面临一些挑战：进入技术壁垒，稳健性、实验设计及最佳分析实践不明确，以及缺乏标准化。该综述中，研究团队系统介绍了不同的空间组学技术，全面阐述了其优势及局限性，并给出了合理的建议。

论文链接：https://www.science.org/doi/10.1126/science.abq4964

3、Cell | 张泽民课题组合作通过大规模整合生物信息分析揭示泛癌种自然杀伤细胞异质性

这篇文章总结了张泽民课题组等在国际期刊Cell上发表的一项研究。研究通过整合来自14个数据集的1223个样本中的NK细胞scRNAseq数据,首次在泛癌水平上系统画出了NK细胞的亚群表型及功能多样性。研究发现NK细胞在不同肿瘤中的亚群组成有明显偏好性,不同组织类型的NK细胞亚类也有差异。同时识别出RGS1基因可作为非血液NK细胞的新标志物。文章还报道研究者在肿瘤组织中发现的一类功能障碍的NK细胞,称为TaNK细胞,其丰度与多种癌症的不良预后和免疫治疗耐药相关。总之,这项研究通过大规模整合分析,系统阐明了NK细胞在不同肿瘤中的异质性,为NK细胞治疗提供重要依据。

论文链接：https://authors.elsevier.com/sd/article/S0092-8674(23)00849-8

4、Nature Communications | scMerge2 实现跨样本、跨条件单细胞数据高效整合分析

随着多样本、多条件单细胞研究的快速出现和用于集成数据集数量的增加，scMerge2能够解决细胞和研究的可扩展性以及产生分析准备数据（即调整表达矩阵）相关的挑战。scMerge2存在三个关键的创新点：（1）通过分层整合捕获不同研究之间的局部和整体差异；（2）通过伪bulk构造确保计算可扩展性；（3）在每个条件内进行伪复制来捕获来自多个条件的信号。

论文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-023-39923-2

博文资讯¶

5、GPT让你的RStudio如虎添翼

介绍如何使用在RStudio里面使用gptstudio插件，从而使用Chat-GPT功能的文章。感兴趣的可以翻翻。

6、WGCNA,all in 还是DEGs？

WGCNA 和 DEG 是两种并行又可以相互整合的转录组分析方法，本文介绍后总结：在所有情况下，WGCNA + DEGs的表现明显优于DEGs + WGCNA。另外，DEGs+WGCNA会影响网络的结构并导致错误的结论。此外，这种方法的有效性从未被证实，官方也并不建议在WGCNA之前应用DEGs。

7、一步实现文库制备和靶向富集！安捷伦携手Element Biosciences发布人全外显子测序简易工作流程

自2009年安捷伦推出全球第一款人全外显子产品至今，已走过十四载春秋。十四年来，安捷伦人全外显子产品在医学转化研究和临床应用中受到了全球用户的广泛信赖，PubMed相关引文数量连年攀升。2021年4月，安捷伦宣布首款基于机器学习探针设计方案的全外产品——人全外显子组V8（SureSelect Human All Exon V8）正式在中国上市，继续书写人全外显子靶向捕获技术新篇章。目前，安捷伦SureSelect文库制备和靶向富集试剂盒与元素生物科学（Element Biosciences, San Diego, CA）的AVITI测序系统在肿瘤变异分析等关键NGS应用上，实现了对单核苷酸多态性、结构和拷贝数变异、基因融合、插入和缺失的高灵敏度检测。

8、太神奇了，网页上简简单单的5步完成转录组差异分析！！！