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生信爱好者周刊(第 8 期):《沙丘》编剧、《权游》作者使用MS-DOS创作

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封面图

《沙丘》编剧罗斯与他的MS-DOS创作环境。(罗斯是《阿甘正传》、《本杰明·巴顿奇事》的编剧,也是Netflix 版《纸牌屋》执行制片人,曾经五次获得奥斯卡金像奖最佳改编剧本提名、一次获奖,被誉为好莱坞最优秀的编剧之一。)(via

本周话题:《沙丘》编剧、《权游》作者使用MS-DOS创作

最近一段时间科幻电影《沙丘》热映。让人值得注意的一件事情是,这些描述未来科幻世界的大佬们在创作时用的却是几十年前的工具。

对于写作者,工具终究只是工具,是创意抒发的载体。整个写作的流程,包括工具的运用,最终都要服务于创意本身。无论工具的科技含量有多高,如果你不适应它,它就无法服务于你,对你起到帮助。(来源:公众号「硅星人」)

这引起我个人两点思考:

  • 在如今各种系统、工具层出不穷的当下,在追求多功能性和实用性的当下,我们似乎在选择的海洋里忘却了寻找或者原来想要寻找的真正(重要)目标。
  • 作为生信从业者,无论是自己开发工具,还是使用别人开发的工具进行数据处理和分析,工具的运用的核心也应当是科研目标本身。

生信科技动态

1、杀伤性T细胞持久的抗癌能力竟然有赖于线粒体的翻译能力,而不是线粒体的代谢供能能力

在我们的免疫系统里,杀伤性T细胞(CTL)是刺客一般的存在,它们不仅能够高效、精准地解决入侵者,还能够保持持续、高昂的战斗状态,通过分泌穿孔素、颗粒酶B、IFN-γ、TNF-α等细胞因子来击杀入侵的病原体或受损的细胞。

近日,一篇发表在顶级期刊《科学》上的文章提出,单个杀伤性T细胞能持续作战,竟是依赖于线粒体的翻译能力,而不是线粒体提供的能量。来自剑桥大学的Gillian M. Griffiths带领她的团队发现,线粒体翻译通过调控穿孔素、颗粒酶B、IFN-γ、TNF-α等杀伤关键因子的合成,来保证CTL的杀伤持续性。如果线粒体翻译受损,则会导致CTL的持续杀伤能力缺陷

(来源:公众号「奇点网」)

2、数字病理学中的人工智能-诊断和精确肿瘤的新工具

计算病理学的里程碑

数字病理学中人工智能方法的工作流程和总体框架

人工智能和机器学习方法作为病理学家和肿瘤学家的辅助工具

本文介绍由美国凯斯西储大学生物医学工程系Kaustav Bera,耶鲁大学医学院病理学系Kurt A. Schalper、David L. Rimm,纽约大学佩尔穆特癌症中心Vamsidhar Velcheti 以及西储大学生物医学工程系Anant Madabhushi共同发表在nature reviews clinical oncology 上的研究成果。作者概述了基于AI的方法如何集成到病理学家和肿瘤学家的工作流程中,并讨论了在癌症患者的常规管理中实施此类工具的相关挑战。

(来源:公众号「drugAI」)

文章

1、周志华教授keynote:探索从纯学习到学习+推理的AI

学习和推理一直是人工智能中的核心研究内容,诸多学者都认为,两者的结合将具有解决当代人工智能方法缺点的潜力,包括深度学习的黑箱性质等,然而这方面的工作极为困难,需要将人工智能中逻辑推理、知识表示、机器学习等多个领域打通。

人工智能领域的大会可以说是不胜枚举,但还没有专门关注学习与推理结合的重量级会议。现在终于有这样一个会议,可以满足研究者这方面的需求——国际学习与推理联合大会(International Joint Conference on Learning & Reasoning,IJCLR)。

本次大会邀请了多位领域大咖发表演讲。其中,我国南京大学计算机系主任兼人工智能学院院长周志华教授作了大会的开场主旨报告,分享了题为《利用无标签数据:从 「纯学习」 到「学习 + 推理」》的主旨演讲。

2、一文教你如何进行SCI写作

本文和大家分享一些写作相关的思考。

另外一篇:写好结构化论文的10条规则

3、R语言与函数估计学习笔记(样条方法)

如果函数在不同地方有不同的非线性度,或者有多个极值点,那么用多项式特别是低阶多项式来完成拟合是非常不合适的。一种解决办法是我们之前提到的近邻多项式(或者称局部多项式),另一种就是样条——用分段的低阶多项式逼近函数

关于样条,常用的有两类,一类是多项式样条,另一类是光滑样条。

工具

1、vscode-power-mode插件:敲出你的能量

一款VS Code插件,可以在打字的时候敲出不同的效果,如粒子、烟火等。

2、pkgdown:R包文档制作工具

近期该包发布2.0版本,将支持boostrap5文档模板。

3、install_GISTIC:GISTIC 2.0安装与镜像

GISTIC 2.0是一款常用的CNV分析工具,该项目提供一键安装和Docker镜像支持。

4、cronR:用R设定系统自动化任务

5、papermill:参数化、执行和分析jupyter笔记本

资源

1、宝藏自学网站

公众号「袁厨的算法小屋」一个简单的汇总:

  • 菜鸟教程
  • 廖雪峰的官方网站
  • 中国大学MOOC
  • 慕课网
  • 哔哩哔哩
  • Gitee
  • Github
  • learngitbranching
  • LinuxCool
  • LeetCode

2、深度学习论文精读

李沐带你进行深度学习经典、新论文逐段精读。

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