生信爱好者周刊（第174期）：论文难写、查重难过，大学生写毕业论文的意义是什么¶
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本周话题：论文难写、查重难过，大学生写毕业论文的意义是什么¶
高等教育规模整体扩大，加上查重、AI率等检查指标盛行，大学生想要顺顺利利完成毕业论文越来越难。大学生主要因为学术训练不够，九成本科毕业生觉得写毕业论文有难度。本科论文的必要性，讨论其实由来已久，部分老师和学生认为应该取消本科毕业论文要求。
生信研究¶
1、Nature | 颉伟课题组揭示哺乳动物早期胚胎中染色质高级结构重建与胚胎超转录机制以及相互促进关系
文章系统研究了小鼠早期胚胎中染色质高级结构逐步建立过程的调控机制，并揭示了其与一种特殊“超转录”状态之间的双向作用，超活跃的转录活动与染色质高级结构相互促进，共同推动胚胎发育基因程序。此项工作为理解转录与三维基因组结构之间的耦合关系提供了新的思路。
- 文章链接：https://www.nature.com/articles/s41586-025-09400-5
2、Cell |癌症免疫大数据平台CIDE：揭示基于分泌蛋白的新免疫疗法
文章自主研发了癌症免疫大数据平台CIDE，首次系统解析了人体中1900余种编码分泌蛋白的基因在肿瘤免疫微环境中的调控作用。其中酰氧酰基水解酶（AOAH）能特异性清除免疫抑制性卵磷脂及其氧化产物，犹如“化雪春风”般解除肿瘤免疫抑制，显著增强T细胞受体识别弱抗原的能力并保护树突状细胞的抗原递呈和共刺激功能。
- 文章链接：https://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674(25)00793-7
3、Nature | 填补92%组装缺口！65个近乎完整人类基因组发表，深度解析复杂遗传变异
文章通过对来自全球28个人群的65个多样性个体（主要来自1KGP）进行深度测序，成功构建了130个高度连续的单倍型基因组，填补了先前92%的基因组组装缺口，39%的染色体达到端粒到端粒（T2T）完整状态。
- 文章链接：https://www.nature.com/articles/s41586-025-09140-6
博文资讯¶
该研究对所有关于父母教育对新生儿、婴儿和 5 岁以下儿童死亡率影响的现有研究进行综合性全球系统评价和荟萃分析，发现母亲和父亲教育的增加均显示出与 5 岁以下儿童死亡率降低相关的剂量反应关系，其中母亲教育成为更强的预测因素。
- 文章链接：https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)00534-1/fulltext
推文介绍了机器学习中动态预测的优势、挑战和应用，并使用合成数据集介绍了代码实现。
6、焦虑的反面是具体：用3年AI实践和你分享这份AI科研心得指南
推文作者结合三年 AI 科研实践经历，讲述了自己如何从把 AI 当作写作和资料整理工具，逐渐过渡到科研中的思维伙伴。作者总结了三种与 AI 合作的姿态，提出用金字塔方法评价科研工具，并分享了 10 条可操作的行动建议，帮助科研工作者将焦虑转化为具体的实践与进步。
工具¶
7、Paper2Poster：一键生成顶会级学术Poster，再也不用为赶会熬夜做PPT啦。
Paper2Poster是一种面向科学论文的多模式海报自动化生成方法，主要解决了如何根据论文创建海报以及如何评估海报。
- 论文：https://arxiv.org/abs/2505.21497
- 代码：https://github.com/Paper2Poster/Paper2Poster
- 项目：https://paper2poster.github.io
- 试用：https://huggingface.co/papers/2505.21497
推文介绍了PSweight包的主要功能、原理以及函数，并通过NCDS数据案例讲解PSweight包。
推文利用 python 和 deepseek 对自己依靠 quarto 构建的个人网站上的文章进行了全部的自动翻译，并讲述了实现方法。
资源¶
10、25个经典蛋白质组学数据库为Astral-DIA添砖加瓦！
推文系统梳理了 25 个经典蛋白质组学数据库，包括 UniProt、GO、KEGG、STRING、PhosphoSitePlus、PDB 等，方便科研人员进行数据分析与深入探索。
推文详细介绍了5个功能强大的Github开源项目。
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