Skip to content

生信爱好者周刊(第 169 期):为什么“杰青”要在 35 岁以下单开一条赛道?

这里记录每周值得分享的生信相关内容,周日发布。

本杂志开源(GitHub: openbiox/weekly),欢迎提交 issue,投稿或推荐生信相关内容。

「生信周刊讨论区」

封面图

本周话题:为什么“杰青”要在 35 岁以下单开一条赛道?

最近,朋友圈都在刷一条新闻,青年科学基金项目(A 类),也就是原来的“国家杰出青年科学基金”(“杰青”),将为 35 岁以下科研人员单设赛道。目前,“杰青”的申报年龄门槛是 45 岁之前,女性 48 岁之前。

按照国内学术圈的正常晋升路线,要想在 35 岁之前拿到“杰青”帽子是堪称地狱级难度的。如果由于各种各样的原因博士毕业得晚,30 岁博士毕业,基本没有机会尝试这个“杰青快速通道”。

所以这个 35 岁以下单设的“杰青赛道”,基本上是为一些同时具备天时地利人和的优秀苗子准备的,比如说中科院少年班或者其它“少年班”。这群人有足够的时间来容错。或者说医学院的“4+4”途径,能够快速拿到博士学位,而利好医学博士的政策还有,2024 年开始,“杰青”项目增加了“临床科学”这个选项。

生信研究

1.Cell |扎克伯格资助的 Biohub 研究所发表首个全细胞器蛋白质组图谱

2025 年 1 月 2 日,Cell 期刊在线发表了扎克伯格 Biohub 研究所 Manuel D. Leonetti 团队的文章 “Global organelle profiling reveals subcellular localization and remodeling at proteome scale”。本研究基于细胞器免疫捕获与质谱联用开发了一种高分辨率绘制亚细胞级蛋白质组图谱的工作流程。研究人员利用此流程获得了人类细胞全区室细胞器蛋白质组图谱,注释了 7,600 多种蛋白质的亚细胞定位,并定义了细胞空间网络,揭示了细胞区室之间的关联。该方法可以用于全面分析细胞扰动期间的蛋白质组重塑。作者通过表征 HCoV-OC43 病毒感染后的细胞景观,表明亚细胞重塑的蛋白质组分析为阐明细胞生物学过程提供了关键见解。

  • 文章链接:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867424013448

2.Cell |华大等团队取得时空算法重大突破,将全面支撑发育、疾病等研究

空间转录组学技术,尤其是华大时空组学技术 Stereo-seq 的出现,能够准确反映细胞的空间排布和 RNA 的原位表达,帮助科研人员从时间和空间维度上认知每个基因、每个细胞,有望带来生命科学领域的第三次科技革命,成为重新认知器官结构、生命发育、物种演化和定义疾病的底层工具。

2024 年 11 月 12 日,华大生命科学研究院联合斯坦福大学医学院、武汉大学电子信息学院等机构在国际顶级学术期刊 Cell 发表时空算法工具包最新研究。该国际协作团队借鉴了物理学、地理学、经济学等多个跨学科领域的数学模型,开创性开发了三维时空建模工具包 Spateo,使空间转录组学技术能够精细地重构器官三维结构、系统地量化时空动态过程。该工具包的发布标志着时空组学研究迎来革新性突破,可全面支撑胚胎发育、脑科学、疾病等领域研究,为实现高精度时空生命全景观研究迈出了极为关键的一步。

  • 文章链接:https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(24)01159-0

3.Advanced Science | AutoBA:一个用于生信多组学分析的完全自动化 AI 代理

2024 年 10 月,由华为和阿卜杜拉国王科技大学合作完成的一项生信分析与大语言模型相结合的工作发表在 Advanced Science 上。

该文介绍了一个名为 AutoBA(Automated Bioinformatics Analysis)的人工智能代理,它专门设计用于全面自动化的多组学分析。AutoBA 基于大型语言模型(LLMs),能够简化分析流程,仅需最少的用户输入,同时为各种生物信息学任务提供详细的逐步计划。

  • 文章链接: https://advanced.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/advs.202407094

博文资讯

4.美貌的遗传本质

为什么瓜子脸女孩是美女,为什么大眼睛姑娘招人爱,为什么细腰妹妹让人心动,为什么女生化妆先涂口红,为什么一白抵三俏,为什么银铃般的女声让男人销魂。本文从遗传学角度,以视频/文本为你一一道来。

5.深度解读 2024 年诺贝尔生理学奖——发现并确认 microRNA 的调控作用

本推文将深度解读 2024 年诺贝尔生理学奖——发现并确认 microRNA 的调控作用。

推文/视频将分为两个大部分:

一、2024 年诺贝尔生理学奖的获奖内容的概要。

二、获奖项目中的三篇主要论文做技术层面的深度讲解,讲解论文作者用什么样的实验方法、技术手段,得到了什么数据结果,又如何整合这些数据结果,来研究并判定 microRNA 对时间发育的调控作用。

6.窦贤康:将大幅度提高优秀青年基金的额度和数量!

在第四届“青年科学家 502 论坛”开幕式上,中国科学院院士、中国科协名誉主席韩启德发表调研报告《关于促进青年科学家成长的几点想法》,并与中国科学院院士、国家自然科学基金委员会主任窦贤康,中国科学院院士、中国科学技术大学常务副校长潘建伟,中国科学院院士、西湖大学校长施一公展开了有关“如何为青年科学家成长创造更好条件”的对话。

工具

7.BiomiX:一种用户友好型生物信息学工具,用于多组学数据的自动化分析和整合

BiomiX 是一个多组学的数据分析包,可提供用于转录组学、代谢组学、甲基组学和其他数据的高度可定制的 pipeline,并提供零代码的数据整合工具。

  • 工具链接:https://ixi-97.github.io/

  • 文章链接:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.14.599059v1.full

8.PlantGPT!华南农大刘耀光/祝钦泷团队联合清华大学建立智能植物功能基因组学问答平台

华南农业大学农学院、未来作物精准育种基础研究卓越中心、亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室和岭南现代农业科学与技术广东省实验室刘耀光院士/祝钦泷研究员团队与清华大学合作在 Advanced Science 在线发表了题为 PlantGPT: An Arabidopsis-based Intelligent Agent That Answers Questions About Plant Functional Genomics 的研究论文。该工作开发了一个以拟南芥为基础的植物功能基因组学专家问答系统 PlantGPT(http://www.plantgpt.icu),通过融合检索增强生成(RAG)技术和大语言模型(LLM)微调方法,实现了对植物功能基因组学专业问题的精准回答,为植物科学研究领域提供了全新的人工智能辅助工具。

  • 工具链接:http://www.plantgpt.icu

  • 文章链接:https://advanced.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/advs.202503926?af=R

资源

9.自洽的程序员

首先,这不是一本程序员的技术书籍,整本书不会提及任何一个技术词汇,这也不是一本教你如何规划职业生涯,如何在职场走个更远的书,虽然我相信大部分内容确实有助于在职场的发展。

但这本书的真正用意是想解决工作过程中碰到的焦虑、倦怠、迷茫、抑郁等情绪,聚焦于解决具体问题,通过改变认知将我们从负面情绪的泥淖中走出来,做到更坦然,真诚的面对自己的内心,成为一个自洽的程序员。

总而言之,这不是一本成功学的书,它不会教你如何赢,笔者本身也不是一个世俗意义上成功的人,而是一本帮你梳理情绪,转变心境的书。

  • 资源链接:https://github.com/zhangchenchen/self-consistent-coder

10.wowyou

  • 资源链接:https://tools.wowyou.cc/

wowyou 是一个面向开发者的工具合集

贡献者(GitHub ID)

「Openbiox 生信周刊」运维小队:

  • @ShixiangWang(王诗翔)
  • @kkjtmac(阚科佳)
  • @NiEntropy(赵启祥)
  • @He-Kai-fly(何凯)
  • @JnanZhang(张佳楠)
  • @Tomcxf(陈啸枫)
  • @wangdepin(王德品)
  • @kongjianyang(空间阳)
  • @donghongyu2020(董弘禹)
  • @DrRobinLuo(罗鹏)
  • @Wangcy-rachel - 王春阳
  • @zoe3251 - 舒晨阳

订阅

这个周刊每周日发布,同步更新在微信公众号「生信协作组」(elegant-r)上。

微信搜索“生信协作组”或者扫描二维码,即可订阅。

(完)

Comments