生信爱好者周刊（第 167 期）：打破传统论文评审困局：去中心化如何重塑学术同行评审生态？¶
- 内容编辑：王诗翔
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本周话题：打破传统论文评审困局：去中心化如何重塑学术同行评审生态？¶
同行评审作为科研质量的重要把关机制，在科学知识的传播中起着至关重要的作用。然而，现行的同行评审制度却面临着前所未有的信任危机，常被批评缺乏客观性、透明度和系统性，让许多科研人员感叹“中稿如中彩”。审稿周期漫长、评审意见质量良莠不齐、缺乏透明度等问题，不仅影响科研效率，也削弱了学术体系的公信力。
The Innovation期刊近期发文提出去中心化的同行评审模型为构建一个更公平、透明且高效的知识评估体系提供了全新的思路。本文提出的TDA 模型通过双重激励机制与去中心化系统的结合，不仅使评审过程的公开与可验证成为可能，同时也能有效地激发学者在评审活动和学术共识构建中的积极性，让每一位学者都成为学术质量的守护者。
@ShixiangWang: 文章中通过构建Total Democracy in Assessment (TDA) 模型，“一方面通过经济激励，鼓励严谨而细致的批评性审稿意见；另一方面通过学术声誉激励，鼓励积极并具有建设性的审稿意见”。这是对新一代学术评审机制的畅想。但技术细节上确实困难重重，且不说经济激励中涉及到的金钱问题，学术声誉激励目前虽然能通过ORCID等机制进行标识，但无法判断和定量细节贡献，另外虽然有不少期刊开放了评审意见，但真正会去阅读的少之又少，自然无法有效评估贡献了。希望先有一些真正可行的软件系统出现，逐步推动一些期刊采纳运行起来看看效果，期刊这一块国内作为后起者，又无软件技术上的阻碍，说不定可以领先构建新一代评审体系。
@He-Kai-fly: TDA模型突破了“审稿工作无回报”的长期弊端，将审稿意见视为具备学术价值的独立成果，不仅提升了评审过程的正向激励，也有望丰富学术评价体系中对“隐性劳动”的认可。
生信研究¶
1、Nature | 填补全球遗传图谱关键空白——系统性分析东南亚人群基因组多样性及演化进程
研究通过深度短读长测序分析了30个东南亚大陆族群中3,023个个体，并对37个代表个体进行长读长全基因组测序，构建了目前最完整的东南亚人群基因组数据集SEA3K。
- 论文链接：https://www.nature.com/articles/s41586-025-08998-w
研究利用数据非依赖性采集质谱（DIA-MS）构建了一个大规模泛癌种蛋白质组图谱，覆盖22种癌症类型的999例原发肿瘤样本，共定量9,670种蛋白质。
- 论文链接：https://www.cell.com/cancer-cell/abstract/S1535-6108(25)00212-0
3、Nat Metab | 薛宇/贾大团队合作揭示生酮饮食发挥作用的新机制
研究团队通过算法预测、细胞实验、动物实验等发现生酮饮食或添加β-羟基丁酸可增加缩醛酶B（Aldolase B, Aldob）的K108位赖氨酸β-羟基丁酰化修饰水平，抑制mTOR信号通路和糖酵解过程，削弱癌细胞增殖，从而揭示了生酮饮食重塑代谢的新机制。此研究不仅发现了生酮饮食发挥作用的新机制，还为预测功能重要的赖氨酸修饰位点提供了普遍适用的语言模型。
- 论文链接：https://www.nature.com/articles/s42255-024-01093-w
博文资讯¶
在统计分析中，缺失数据是一个常见但经常被忽视的问题。不当处理的缺失数据可能会导致分析结果的偏差，影响研究结论的可靠性。推文中介绍了缺失数据的不同类型以及如何处理缺失数据。
常规测序获得一群细胞的信号均值，丢失了细胞的个性化信息，而单细胞测序的出现则弥补了这一不足。单细胞测序是在单个细胞水平对基因组、转录组或表观基因组进行测序分析的技术。本文介绍了靳文菲专注于开发基因组技术和计算方法解决生物医学难题的历程，在单细胞测序、组学大数据挖掘等方面取得了系统性成果，并把这些技术应用到肿瘤研究中。
靳文菲，南方科技大学生科院副教授，研究员、博士生导师、国家高层次青年人才、珠江人才计划青年拔尖人才。长期从事基因组学、肿瘤免疫相关研究。主要研究方向：1.发展和利用单细胞测序技术研究肿瘤微进化和肿瘤微环境；2.生物信息。
6、Everything you need to know to resolve the Git Push RPC error
本文介绍了如何探索和处理 git push 遇到的 RPC 相关错误。
error: RPC failed; http2 499 curl 16 Error in HTTP2 framing layerfatal: remote hung up unexpectedly
工具¶
亮点：
- 一个单一的工具来取代pip， pip-tools等工具，运行数独比pip快10~100倍。
- 提供全面的项目管理，具有通用的锁文件。
- 运行脚本，支持内联依赖元数据。
- 安装和管理Python版本。
- 运行并安装作为Python包发布的工具。
- 包括一个与pip兼容的接口，通过一个熟悉的CLI来提高性能。
- 为可伸缩的项目支持cargo风格的工作空间。
- 有效的磁盘空间，为依赖重复数据删除提供全局缓存。
- 可以通过curl或pip安装，不需要Rust或Python。
- 支持macOS、Linux、Windows操作系统。
这是一个适用于任何类型列表的交互式过滤器程序；文件、命令历史、进程、主机名、书签、Git 提交等。它实现了一个“模糊”匹配算法，因此您可以快速输入省略字符的图案，仍然得到您想要的结果。
9、aisuite | 简单、统一的界面，连接多个生成式AI提供商
aisuite通过标准化接口让开发者轻松使用多个LLM。使用类似OpenAI的接口，aisuite使得与最受欢迎的LLM交互和比较结果变得简单。它是对python客户端库的轻量级封装，允许创作者在不更改代码的情况下无缝切换和测试来自不同LLM提供商的响应。
资源¶
贡献者（GitHub ID）¶
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@ShixiangWang（王诗翔）@kkjtmac（阚科佳）@NiEntropy（赵启祥）@He-Kai-fly（何凯）@JnanZhang（张佳楠）@Tomcxf（陈啸枫）@wangdepin（王德品）@kongjianyang（空间阳）@donghongyu2020（董弘禹）@DrRobinLuo（罗鹏）@Wangcy-rachel- 王春阳@zoe3251- 舒晨阳
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