生信爱好者周刊（第 165 期）：明星期刊“落选”引发科学界震动，在中国做学术期刊有多难？¶

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本周话题：明星期刊“落选”引发科学界震动，在中国做学术期刊有多难？¶

中国科技期刊卓越行动计划（以下简称“卓越计划”）二期的名单甫一公示，就引发了生命科学领域的一场舆论风暴。因为这个领域的明星期刊《Cell Research》落选“英文期刊领军项目”。

这可能是中国期刊界最重要的评选活动，它把入选的463个项目分成了6大类，第一类的“英文领军期刊”有50本期刊入选，将会在未来5年中获得每年不超过150万的资助，第二类的“英文梯队期刊”有150本期刊入选，其中就包括《Cell Research》，同样获得5年稳定资助，但资助金额不超过50万一年，只有“英文领军期刊”的三分之一。

与此同时，一封名为“国际一流期刊《Cell Research》在国内只能评B档?”的公开信立刻在科学圈开始流传，多位生命科学领域的科学家都对此颇为微词。

生信研究¶

1.Nat Commun | 使用机器学习算法揭示癌症进展中的DNA复制时序动态异质性

癌症治疗的主要挑战之一在于肿瘤细胞的高可塑性和异质性，这使得对肿瘤发生机制的研究以及有效疗法的开发变得复杂。为了更好地理解这些现象，2025年2月8日，来自法国居里研究所的研究团队在Nature Communications上发表了相关研究。该研究开发了一种名为“Mix ‘n’ Match”（MnM）的机器学习工具，能够从复杂的单细胞全基因组测序数据中精准解析DNA复制时序（Replication Timing, RT），并揭示癌症进展中的基因组异质性。 - 文章链接：https://doi.org/10.1038/s41467-025-56783-0

2.NCB背靠背 | 江龙达/李炜/Rahul Satija推出新计算方法分析单细胞扰动，揭示细胞对扰动的不同响应机制

在功能基因组学和单细胞技术迅速发展的今天，理解细胞对扰动（Perturbation）的响应如何在单细胞层面产生差异，以及背后的分子机制成为了生物学和医学研究的关键问题。2025年2月26日，New York Genome Center的Rahul Satija团队和美国Children’s National Hospital 的李炜团队在Nature Cell Biology背靠背发表的两篇研究论文，分别开发了全新的单细胞扰动测序实验和分析方法, 为破解基因组调控网络和通过扰动响应寻找新的生物学知识提供了强大工具。

文章链接： https://www.nature.com/articles/s41556-025-01626-9 https://doi.org/10.1038/s41556-025-01622-z

3.Nature | 王凌华/Anirban Maitra团队联合揭示转移性胰腺癌转录组与癌细胞谱系表型可塑性的空间图谱

2025年4月23日，美国德克萨斯大学MD安德森癌症中心王凌华教授和Anirban Maitra教授领导的合作团队在Nature在线发表题为Spatial mapping of transcriptomic plasticity in metastatic pancreatic cancer的研究论文。该研究利用空间转录组技术，对来自13位胰腺导管腺癌（PDAC）患者的55份肿瘤原发灶及多器官转移灶（包括肝、肺和腹腔转移）样本进行了高分辨率空间解析，系统绘制了癌细胞的克隆结构、谱系表型及肿瘤微环境（TME）的空间图谱。

文章链接： https://doi.org/10.1038/s41586-025-08927-x

4.Cell｜整合16.8万个样本，构建超大型全球肠道微生物组数据库

近日，芝加哥大学Ran Blekhman团队在Cell杂志上发表了题为Integration of 168,000 samples reveals global patterns of the human gut microbiome的文章。该研究整合了来自68个国家的168,464个16S测序样本，构建了一个全球人类肠道微生物组数据库（microbiomap.org），并分析了地理和技术因素对肠道微生物组的影响。 - 文章链接：https://doi.org/10.1016/j.cell.2024.12.017

博文资讯¶

5.用qs替代RData：加速大型单细胞对象存储的终极方案

指标	RData	rds	qs
保存时间(秒)	23.63	23.50	3.52
加载时间(秒)	3.14	3.12	1.27
文件体积(MB)	886.41	886.41	264.05

针对单细胞数据分析的导入和存储这一常见任务场景，作者测试并提出 qs 是目前最佳的实践方案。

https://github.com/qsbase/qs

qs	fst	saveRDS
Not Slow	✔	✔
Numeric Vectors	✔	✔
Integer Vectors	✔	✔
Logical Vectors	✔	✔
Character Vectors	✔	✔
Character Encoding	✔	(vector-wide only)
Complex Vectors	✔	❌
Data.Frames	✔	✔
On disk row access	❌	✔
Random column access	❌	✔
Attributes	✔	Some
Lists / Nested Lists	✔	❌
Multi-threaded	✔	✔

6.诺奖得主的13条科研建议：把精力用在最重要的事情上

Don’t be too busy (No excuses. If you’re too busy, you’re not being creative).创造力与忙碌的权衡，避免工作饱和。
Learn to say no. 懂得拒绝。
What question to ask: Find the biggest unanswered question that can be approached in the next 5-10 years. 寻找最有价值的问题。
Science communication: When you talk about your work, always start by stating what the important open question is (this is fundamental, but very few do it). 通过学术交流磨练讲故事的能力。
Prioritize: Know when to quit a project (as important as coming up with new ideas). 认清项目优先级，及时退出并投入更重要的工作。
Change fields when the open questions are no longer interesting: Being from a different field allows you to look at problems with a fresh perspective. 及时退出难以激发大众兴趣的领域，投入到自己能提供独特见解的领域。
Ask for help - don’t reinvent the wheel. 寻求帮助，避免花过多时间在复现他人工作。
Don’t listen to advice if it doesn’t make sense to you. 相信自己的判断。
Hire people who are smart, efficient, and kind (don’t forget about “kind”). 与聪明、高效、友好的人共事。
Champion the underprivileged. 帮助弱者。
Collaborate with people with very different training and experience. 互补合作。
Cultivate friends who tell you when you are wrong. 结交能够谏言的朋友。
Don’t forget why you got into this business in the first place: Science is fun. Minimize the noise that causes anxiety. 不忘初心，探寻科学的乐趣，屏蔽内耗因素的影响。