生信爱好者周刊（第 163 期）：美国公共数据库对中国科研人员禁用¶

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本周话题：美国公共数据库对中国科研人员禁用¶

中美在数据和技术领域的紧张关系加剧，美国于2024年底推出了针对跨境数据的新规，并将在2025年开始实施。该新规旨在限制中国等“受关注国家”获取美国人的敏感个人数据，这对中国科研人员使用美国的公共医学和学术数据库可能带来重大影响。

涉及大量美国人健康/基因信息的数据库（如SEER, TCGA, dbGaP等）在新规下对中国几乎封闭，而以公开文献和统计为主的资源（如PMC, ClinicalTrials.gov, CDC数据）仍然开放。介于两者之间的是一些已经公开但含匿名个体数据的资源（如GEO, 部分NIH数据），目前看大概率继续开放，但需关注政策动向。

@ShixiangWang: 协作共享有时比想象中艰难。万事万物都遵循着动态的平衡。之前是全世界分析M国数据，就政策导向看，以后会产生一些相对的数据孤立。个人观点，长久看，对M国也未必是好事。我们国家也确确实实需要有真正意义上类似 TCGA 的计划，而不是坐地分钱。

生信研究¶

1、Science | 5’端单细胞测序绘制CD4+T细胞双向转录增强子多模态图谱

团队利用5’端单细胞RNA测序方法构建T细胞双向转录增强子多模态图谱，同时开发了ReapTEC方法，实现高核苷酸分辨率和高灵敏度鉴定btcEnhs，捕获真正的增强子区域。

论文链接：https://www.science.org/doi/10.1126/science.add8394

2、Nat Methods | 系统性评估11种空间组学技术

基于测序空间转录组技术（sST）的快速发展改变了在空间背景下测量基因表达的能力，被Nature Methods评为2020年的年度技术。然而技术的发展应该关注哪些指标，如何对这些技术进行标准化的多维度评估和比较，尚未有清晰的解决方案。为了解决技术标准不清晰，评估方案混乱等问题，研究团队对 11 种 sST 方法进行了全面比较（包括 10X Genomics Visium（基于 poly-A 和基于探针的两种方法）、DynaSpatial、HDST、BMKMANU S1000、Slide-seq V2、Curio Seeker（Slide-seq 的商业版本）、Slide-tag、Stereo-seq、PIXEL-seq、Salus 和 DBiT-seq）。他们使用具有明确形态的参考组织来评估它们的性能。研究建立了一套具有不同组织结构特征的标准参考组织，包括胚胎小鼠眼睛、成年小鼠海马区和嗅球。在进行统一的组织块制备和切片后，他们使用11种sST方法对这些组织进行了空间转录组学分析，生成了一个跨平台的数据集（称为cadasSTre），以便直接比较空间分辨率、分子捕获效率和分子扩散。