生信爱好者周刊（第 162 期）：’双人成行’对创新的作用¶

这里记录每周值得分享的生信相关内容，周日发布。

本杂志开源（GitHub: openbiox/weekly），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。

封面图¶

- 来源：Peter Glagowski

本周话题：‘双人成行’对创新的作用 ¶

本书作者提出了科学探索的双重维度——“夜间科学”与”日间科学”。前者如同混沌的创意温床，充满无序的灵感碰撞；后者则是严谨的逻辑验证，构成系统化的知识体系。研究指出，突破性创新往往诞生于夜间科学的自由探索过程中，而对话尤其成为激发创意的关键媒介。在交流中，语言具有独特的思维整理功能：它能迫使混沌的思维显影，将朦胧的灵感转化为线性表达，进而暴露出潜藏的思维断层。更重要的是，学术伙伴的即时反馈既能增强研究者的信心，又有效消解了学术探索中的孤独感。这种创造力的绽放，终究需要一个安全包容的环境——当研究者无需担忧观点的幼稚性时，最大胆的创新才有可能破茧而出。

@NiEntropy : 看了三遍，先是看了一遍公众号翻译，把原文找出来看了一遍，让R1也看了一遍并进行拓展。大晚上的给我看激动了，所以未来我们也可能会成为可以改变世界的小团队吗！加油everyone！

@R1版《陋室铭》: 人不在多，协契则灵。思不在繁，互启则明。 - 文章连接：https://www.nature.com/articles/s41587-023-02074-2

生信研究¶

1、Nat Methods | 西湖大学团队开发非侵入式谱系追踪的新工具

文章开发了一款谱系追踪新计算工具 MethylTree。MethylTree无需基因编辑，就可以精准地、以多组学的方式追踪细胞谱系，开启了非侵入式谱系追踪的新篇章。 - 文章链接：https://www.nature.com/articles/s41592-024-02567-1

2、scCancerExplorer | 人类泛癌单细胞多组学在线分析工具

南京医科大学研究团队推出人类泛癌单细胞多组学在线分析工具scCancerExplorer。该数据库集成了基因表达、染色质、蛋白质活性、DNA甲基化和DNA复制等分析模块，支持用户友好操作，能通过简单点击探索癌症相关数据。scCancerExplorer免费访问，为癌症研究提供有力工具

数据库网站：https://bianlab.cn/scCancerExplorer/
文章连接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39558175/

3、The Innovation | 精准用药，基因先行：首个中国人药物基因组学图谱

文章利用来自全国的206,640名中国个体的低深度全基因组测序数据，成功绘制了首个中国人药物基因组图谱，并构建了相关数据库，方便公开免费访问查询。 - 文章链接：https://doi.org/10.1016/j.xinn.2024.100773

博文资讯¶

4、从简单到复杂的漫长之旅

本文以约翰·梅纳德·史密斯的经典理论为框架，系统梳理了生命演化史上的八大“变形记”——从原始RNA分子到真核细胞，从无性繁殖到人类社会——每一次转变都标志着生物复杂性的跃升。

5、AlphaFold3开源了

谷歌 DeepMind 宣布最新版 AI 蛋白质结构预测工具 AlphaFold3 正式开源，科学家们可以下载其底层代码，并将其应用于非商业领域。

6、 AlphaFold3的安装与使用

这真是雪中送炭！AlphaFold 3 近期已正式开源，现在就有技术大佬分享了详细的 Conda 环境配置和运行教程，想尝鲜的小伙伴们赶紧动手试试吧！

工具¶

7、GCAS｜基于GEO数据库整理的多种癌症的综合分析工具

GEO癌症分析套件（GCAS）是一个多功能的R包，旨在分析和可视化癌症研究中的基因表达数据。GCAS允许对正常样本和肿瘤样本之间的基因表达进行比较、相关性分析、免疫浸润分析、差异表达分析、共表达分析和富集分析。它包含一个Shiny应用程序，用于交互式可视化，也可以直接在R环境中用于高级脚本编写。GCAS非常适合希望高效、有效地探索癌症基因组数据的研究人员、临床医生和生物信息学家。

8、PROGENy | 信号通路评估