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生信爱好者周刊(第 161 期):一半以上实验结果无法重复,学术界正在遭遇一场危机吗?

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本周话题:一半以上实验结果无法重复,学术界正在遭遇一场危机吗?

科学的大厦建立在大量可重复的研究结果之上,然而,近年来,种种迹象表示,在生物医学领域,大量的研究结果似乎不可重复。比如,Plos Biology 最近发表的一篇对近 2000 名生物医学研究人员的调研报告中,在最终收回的问卷中,72%的参与调研的活跃一线科研人员认同生物医学领域存在可重复性危机,其中 27%的参与者甚至认为这场危机非常严重。

由此可见,可重复性的问题在生物医学领域可谓旷日持久。解决这一问题,绝不会是朝夕之功。这方面,也许一个稍微没有那么热门的领域—心理学的故事,可以给我们带来一些启示。

生信研究

1.Science |蛋白质语言模型 EVOLVEpro 实现快速的定向进化

文章开发了名为 EVOLVEpro 的高效的蛋白进化方法,它结合了蛋白质语言模型(PLMs)和回归模型,通过少量实验数据快速改进蛋白质活性。

  • 文章链接:https://www.science.org/doi/10.1126/science.adr6006

2.Science |首个人类剪接体图谱,揭示 RNA 剪接交叉调控的复杂网络

西班牙基因组调控中心(CRG)的研究人员耗时 10 余年成功绘制了人类剪接体的第一张图谱。研究团队敲低了人类癌细胞中的 305 个剪接体和不同类别 AS 决定的功能性剪接因子,进行全转录组分析,并重建了不同功能性剪接因子网络,发现剪接体的不同组分具有独特的调控功能,揭示了剪接因子交叉调控的复杂网络。这些结果为剪接体治疗癌症或罕见病的策略提供了全新的见解。相关研究已发表在 Science 上。

  • 文章链接:https://www.science.org/doi/10.1126/science.adn8105

3.Nature |基于质谱的蛋白质组学:从单细胞到临床应用

文章系统地回顾了近十年来基于质谱的蛋白质组学技术的发展历程和最新进展,详细介绍了该技术领域内的全流程革新。

  • 文章链接:https://www.nature.com/articles/s41586-025-08584-0

博文资讯

4.“血液生态十亿细胞多组学计划” (HEMO ABC) 开始招募

为促进血液学科发展,推动血液疾病临床转化研究和精准医学取得新突破,华大与海河实验室携手全球科学家,共同启动“血液生态十亿细胞多组学计划” (Hematopoietic Ecosystem Multi-Omics Atlas of Billion-Cells, HEMO ABC)。该计划旨在通过大规模细胞多组学技术,绘制人类血液细胞的高精度分子图谱,全面解析血液细胞的基因组学、表观组学、转录组学和时空组学等多组学特征,构建全球最完整最精细的血液生态细胞多组学数据共享平台。这一平台将为全球科学家提供宝贵的数据资源,推动血液学及血液疾病研究进入全新的时代。

5.AI 编程三剑客:Cline(插件)规划模式+DeepSeek R1(构建计划)架构设计+Claude3.5 智能编码实战指南

6.面向统计学家的大语言模型综述-LLM 的基础

本文探讨了统计学家可能对 LLM 发展做出重要贡献的潜在领域,特别是那些旨在增强人类用户信任度和透明度的方向。

工具

7.AI Headshots

Image

AI 头像生成。看介绍非常不错,但实际测试效果一般。

8.you-get | 视频下载器

$ you-get 'https://www.youtube.com/watch?v=jNQXAC9IVRw'
site:                YouTube
title:               Me at the zoo
stream:
    - itag:          43
      container:     webm
      quality:       medium
      size:          0.5 MiB (564215 bytes)
    # download-with: you-get --itag=43 [URL]

Downloading Me at the zoo.webm ...
 100% (  0.5/  0.5MB) ├██████████████████████████████████┤[1/1]    6 MB/s

Saving Me at the zoo.en.srt ... Done.

You-Get 是一个小型命令行实用程序,用于从网络上下载媒体内容(视频、音频、图像),以防没有其他方便的方法。

9.Trae

Trae 是一个自适应的 AI IDE,通过与其对话的形式,高效构建项目代码,并可以做到即时可视化,方便调整。

资源

10.dockstore

dockstore 是一个开源免费的 docker 平台,提供诸多数据分析类的 pipeline。

11.CS197

哈佛大学的 AI 课程

  • 项目链接: https://www.cs197.seas.harvard.edu

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  • @Tomcxf(陈啸枫)
  • @wangdepin(王德品)
  • @kongjianyang(空间阳)
  • @donghongyu2020(董弘禹)
  • @DrRobinLuo(罗鹏)
  • @Wangcy-rachel - 王春阳
  • @zoe3251 - 舒晨阳

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