生信爱好者周刊（第160期）：科学评价亟需优化¶

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封面图¶

本周话题：科学评价亟需优化¶

文章主要讨论了科学评价体系中存在的问题，并以已故科学家周光召先生的判断力为例，强调了科学决策中判断力的重要性。文章指出，无论是国内还是国外，科学评审过程中普遍存在判断失误的问题。在中国，科学评审常常由训练背景不足、知识准备不够的人主导，甚至以拉关系为主导，导致决策质量低下。在美国，由于优秀科学家稀缺且忙碌，同行评议往往变成低水平评审高水平，阻碍了科学创新。此外，文章还提到，在应用领域，许多决策者缺乏科学素养，依赖权力和资本进行决策，导致误判频发。文章最后以1990年代减肥新药的误判为例，说明即使是大型药厂和资本方也可能因判断失误而错失良机。

生信研究¶

Nature | 基于真实世界数据的数字病理学全切片AI模型

文章构建了全切片病理AI基础模型Prov-GigaPath，可以读取整个切片的模式，以提高对患者特定癌症突变及其亚型的预测，以及肿瘤微环境可能对不同疗法的影响。

论文链接：https://doi.org/10.1038/s41586-024-07441-w
Science | 新平台器官水平解析人脑细胞分子结构与连接

这项研究为脑科学领域提供了一个强大的新工具，其创新性和应用前景值得肯定。尽管存在一些局限性，但随着技术的不断优化和改进，该平台有望在未来的脑科学研究中发挥重要作用。

文章链接：https://www.science.org/doi/10.1126/science.adh9979
NEJM | 基因组测序为近30%漏检的罕见病患者提供了合理诊断，将罕见病诊断率提高8%

文章对8000多个疑似罕见单基因疾病家庭成员的外显子组和基因组进行了测序和分析。最终证实，基因组测序可以为一些受罕见单基因疾病影响的家庭提供诊断，将罕见病的诊断率提高8%

论文链接：https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2314761

博文资讯¶

单细胞测序 | scRNA-Seq差异分析后的单细胞热图绘制

文中汇总了5种scRNA-Seq差异分析后的单细胞热图绘制的代码和图例。

Nature系列综述：中山大学黄蓬团队阐述靶向肿瘤活性氧（ROS）的原理与策略

活性氧（ROS）是生物系统中短暂存在但必不可少的重要物质。ROS的产生和消除是基本的生物化学过程，其微妙的平衡由一组复杂的分子机制维持。氧化还原稳态的失衡与各种疾病，尤其是癌症密切相关。细胞中ROS的普遍升高被认为是在肿瘤的发生发展中发挥重要作用。因此，通过靶向ROS及其调控机制调节细胞氧化还原被认为是癌症治疗的有效策略。

2009年，中山大学肿瘤防治中心黄蓬教授在 Nature 旗下综述期刊 Nature Reviews Drug Discovery 期刊发表了该领域相关的综述论文。在15年后，黄蓬教授团队再次在该期刊发表题为：Targeting ROS in cancer: rationale and strategies 的综述论文。

这篇最新综述总结了活性氧（ROS）领域近十多年取得的重大进展，包括发现了新的氧化还原信号通路，ROS对肿瘤代谢、肿瘤免疫、相分离、肿瘤干细胞、细胞命运的影响，以及靶向ROS的新型抗癌剂。该文章探讨了这些研究进展对肿瘤治疗和药物研发的影响和应用，并剖析ROS领域的新概念、争议热点和未来研究方向。

万字长文，腾讯、清华等多位生物大模型作者专访，畅谈AI生物学，解析大型细胞模型技术

大型语言模型（LLM）在自然语言处理和理解领域已取得重大突破。同样，在生物学领域，一些采用类似 LLM 结构的大型细胞模型（Large Cellular Model，LCM）被开发用于单细胞转录组学，这些模型展示了 LCM 在各种生物任务中的应用潜力，并说明了 LCM 彻底改变未来生物学研究的可能性。

近日，《Quantitative Biology》期刊采访了一些最具影响力的 LCM 背后的有影响力的作者。例如：腾讯 AI Lab 杨帆和姚建华、加州大学 Christina V. Theodoris、多伦多大学王波、清华大学张学工以及中国科学院李鑫和杨戈。

该评论文章详细介绍了这些模型背后的总体框架和核心人工智能概念，并前瞻性地讨论了这些模型如何与生物学知识有效结合。还讨论了 LCM 研究和开发过程中面临的关键挑战，包括缩放规律问题和数据预训练的必要性。

这些观点阐明了 LCM 对生物研究的变革性影响，并让我们看到了 AI 和生命科学融合，回答有关生命的关键问题的未来

工具¶

youdeyiwu

Youdeyiwu 是一个开源的轻量级论坛，它在功能上虽然没有 WordPress 强大，但是对于想搭建一个简约论坛的用户来说，提供了新的选择。

除了基本功能和后台管理，它还具有以下功能：

以匿名方式创建文章
设置积分权限和奖励
通过标签和版块组组织内容
文章审核管理
动态权限管理
项目链接：https://github.com/dafengzhen/youdeyiwu

8、BEDOPS｜快速、高度可扩展且易于并行化的基因组分析工具包

BEDOPS是一个开源的命令行工具包，执行高度高效和可扩展的布尔和其他集合操作、统计计算、归档、转换以及其他任意规模基因组数据的管理。

该套件包括集合和统计操作工具（bedops、bedmap和closest-features）以及将大型输入压缩到一种新颖的无损格式（starch）的工具，这种格式可以比当前替代品提供更大的空间节省和更快的数据提取。BEDOPS除了支持BED格式外，还提供了对此深度压缩格式的原生支持。

9、Tabulator

易于使用，简单编码，功能全面，交互式JavaScript表格和数据网格。

资源¶

10、必读综述|肿瘤单细胞+免疫微环境

这篇文章是一篇关于肿瘤单细胞测序（scRNA-seq）和免疫微环境的综述，主要探讨了单细胞测序技术在肿瘤浸润免疫细胞研究中的应用和进展。文章详细介绍了单细胞测序技术在肿瘤免疫微环境研究中的应用，强调了肿瘤浸润免疫细胞的异质性、特定细胞亚群的功能特征以及它们在肿瘤进展和免疫治疗中的作用。通过结合空间转录组学，研究者能够更全面地理解肿瘤微环境的复杂性，为癌症治疗提供了新的视角和潜在靶点。

贡献者（GitHub ID）¶

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