生信爱好者周刊（第 154 期）：海归青椒“硬着陆”¶

这里记录每周值得分享的生信相关内容，周日发布。

本杂志开源（GitHub: openbiox/weekly），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。

在发布这期内容之前，我回查了下记录：2021年9月12日我发布了第1期的内容，2022年8月6日开始以协作组的形式发布了第39期的内容。现在回头其实难以想象，为这个没有什么直接受益的事情坚持了三年多的时间，访问阅读量其实也并不多。我其实也不知道有多少读者能够有所收获，但我们一直在坚持着。这种坚持离不开所有weekly成员的付出，除了我之外，像阚科佳、陈啸枫、何凯、赵启祥等2024年都负责了超过了4次内容的编排，他们以及其他成员活跃地贡献了大部分内容的整理。感谢我自己的坚持，也感谢他们的坚持和信任，共同的努力是延续的根本。三年多前，我刚博士毕业、博士后入站不久；当前，我成为一名较为独立的科研工作者、高校教师，weekly以及weekly团队伴随了这一段成长经历，真心希望「生信爱好者周刊」的标志也能够伴随每位团队成员和读者的分享和成长。2025，我们坚持分享周刊进入第5年了，感谢大家！

——王诗翔

封面图¶

树莓派掌上电脑

本周话题：海归青椒“硬着陆”¶

数据显示，中国留学人员环流趋势明显。2020年留学回国发展人数首次超过出国留学人数，2021年留学回国人员超过100万，十五年前，这一数字为6.93万人。今天，与大批留学回国人员一起求职的还有1000多万本土应届毕业生。在近年来的相关研究或者社会讨论中，人们愈发关注归国青年教师所面临的多重挑战。对于他们中的许多人来说，找到一份合适的教职仅仅是第一关，他们还需要从零启动科研，建立新的学术网络联结，在教学、研究与行政琐事寻找平衡。“非升即走”背景下，水涨船高的考核标准如同达摩克利斯之剑一般，悬在许多人头上。有人在阵痛期顺应土壤，调整自己的重心和工作安排；有人累积科研资本，申请”人才帽子”等以保障自己稳定的科研生产。也有人离开，重启赛道。

@ShixiangWang：政策和文化不要通过竞争机制去消耗人才资源，去生硬地适应环境，而是通过竞争连接、分享、沉淀、创新。这算是我个人对于推文最后一段内容的回应吧。

生信研究¶

1、Cell | 整合多组学、多类型的肿瘤数据，构建全面的肿瘤治疗靶点全景图

文章通过整合多种组学、多种癌症类型的肿瘤数据，构建了全面的肿瘤治疗靶点全景图，成功发现并验证了多种癌症治疗的潜在靶点，揭示了改进和开发癌症治疗策略的新机会。

论文链接：https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(24)00583-X

2、Nature Communications|通过野生和栽培辣椒基因组研究揭示辣椒为什么会辣

文章通过组装两个端粒到端粒（T2T）无缺口辣椒基因组，深入解析了辣椒着丝粒序列特征，发现了独特的重复序列元件。并基于分子钟估计了茄科中辣椒素合成通路的进化时间节点，揭示了茄科植物中辣味形成和丧失的遗传基础。 - 论文链接：https://www.nature.com/articles/s41467-024-48643-0

3、Nature Communications | 肿瘤外显子测序数据的ecDNA扩增鉴定新方法

研究团队研发了一种机器学习模型和工具GCAP，用于预测肿瘤基因组中的ecDNA扩增及其相关基因。该模型从基因组变异角度出发，结合了肿瘤样本和基因水平的基因组损伤、拷贝数变异信息以及其他相关因素，能够预测单一样本中ecDNA扩增的情况。此外，该方法还适用于肿瘤全基因组和SNP芯片数据，具有广泛的实用价值。