生信爱好者周刊（第 153 期）：做诚实的学问，做正直的人¶

这里记录每周值得分享的生信相关内容，周日发布。

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「生信周刊讨论区」

封面图¶

免疫先锋：T细胞在抗癌战斗中的关键作用. Credit: James Cavallini/Science Photo Library

本周话题：做诚实的学问，做正直的人¶

本次的话题来自施一公在2018年全国科学道德和学风建设宣讲教育报告会上的演讲报告

@kkjtmac 当前学术造假现象屡见不鲜，部分与当下急功近利的体系和制度相关。科研的核心在于求真，杜绝学术造假，需要完善监督和更加严格的处罚机制，同时倡导独立人格与内心驱动的科研动力。

生信研究¶

1、Nature Methods｜大语言模型助力基因功能发现

文章创新性得将5个主流大模型引入到基因功能分析中，其中GPT-4在73%的案例中给出的功能描述与人工注释高度相符。

论文链接：https://www.nature.com/articles/s41592-024-02525-x

2、Science | 构建衰老全景图谱，首次揭示不同器官、性别和衰老阶段的细胞动态变化

文章构建了一张覆盖超过两千万个细胞的哺乳动物衰老全景图谱（PanSci），首次揭示了不同器官、性别和衰老阶段的细胞动态变化。

论文链接：https://www.science.org/doi/10.1126/science.adn3949

博文资讯¶

3、一文总结队列研究

本文以Lancet Glob Health经典的队列研究文章为例，对队列研究系列的重要知识点进行总结，为读者未来在临床实践中开展队列研究并撰写文章提供思路。

4、提升 Shell 脚本用户体验

本文介绍了6种方法，让shell脚本更安全且易于使用，包括错误处理、彩色输出、进度报告、错误处理策略、平台适配和时间戳文件输出。

5、140+ ggplot2 扩展包让你的图表更出彩

这个网页中收录了140+个ggplot2可视化扩展包，供大家学习和探索。

6、Cancer Cell | 癌细胞状态：人类肿瘤单细胞RNA测序十年的经验教训

本文总结了单细胞RNA测序技术在分析人类肿瘤中十年的应用经验，探讨了肿瘤内异质性、计算方法、常见程序和未来研究方向，强调了联合多组学方法全面理解癌症复杂性的重要性。

7、Cell | 建立整体细胞状态和状态转换的概念框架

文提出一个旨在促进定量、整合和预测模型发展的概念框架，以更好地理解细胞的功能、行为和对扰动的响应。尽管目前还存在许多挑战，如数据整合的技术难题、模型的复杂性等，但随着技术的发展，这些问题是有望得到解决的。在未来，随着技术的进步和数据的积累，细胞生物学有望在大数据时代取得重大进展。通过本文提出的框架，研究人员可以更好地理解细胞状态和状态转换，从而推动生物医学研究的发展。

工具¶

8、TissueEnrich | 计算组织特异性基因富集的工具

TissueEnrich是用于计算一组输入基因中组织特异性基因富集的工具。原文详细介绍了TissueEnrich软件包以及TissueEnrich的下载安装和使用介绍。 - 工具链接：https://github.com/Tuteja-Lab/TissueEnrich - 论文链接：https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty890

9、applite | 用户友好的GUI macOS应用程序，用于Homebrew Casks