生信爱好者周刊（第 151 期）：一半以上实验结果无法重复，学术界正在遭遇一场危机吗¶
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封面图¶
本周话题：一半以上实验结果无法重复，学术界正在遭遇一场危机吗？¶
在有些领域，理论和实验技术都已发展到了很高的水平（比如高能物理），其实验设计和分析的范式已经高度统一，没有太多任由实验人员自行裁量的空间，结果可重复性自然就高。然而像心理学这样的学科，目前的技术水平还无法做到这种程度的一致性，需要假以时日等待技术的自然进步，在此之前，要对可重复的实验比例有个理性的预期。
生信研究¶
1、Nature Medicine │新一代三合一无创产前筛查多中心前瞻性临床研究成果
文章运用创新的无创产前筛查技术——协同等位基因靶向富集测序（COATE-seq），通过分析孕妇血浆中的游离DNA，在临床上首次运用无创的方法全面筛查包括单基因疾病、染色体非整倍体和染色体微缺失综合征等不同类型的胎儿遗传变异。
- 文章链接：https://www.nature.com/articles/s41591-023-02774-x
2、Nature Genetics | 揭示癌症突变背后的秘密：MuSiCal算法的突破与应用
这篇文章主要介绍了MuSiCal（Mutational Signature Calculator）这一创新分析框架及其算法在癌症突变特征分析中的突破与应用。该算法通过解决标准工作流中的主要问题，提高了特征发现和分配的准确性，为癌症研究提供了更加精确的生物标志物，并为未来的癌症诊断和治疗提供了强有力的分子基础。 - 文章链接：https://www.nature.com/articles/s41588-024-01659-0
3、Cancer Cell | 功能性解析乳腺癌基因组变异互作在精准治疗中的指导价值
文章系统性绘制了全面的乳腺癌基因组变异互作网络，结合临床治疗队列及体内外模型功能性解析了基因组变异互作对乳腺癌治疗结局的影响，提出了基于基因组变异互作的精准治疗新策略。
- 文章链接：https://doi.org/10.1016/j.ccell.2024.03.006
4、Science Bulletin | 构建TMB相关免疫浸润调节因子群，助力免疫治疗疗效预测及增效策略开发
文章开发了TMB相关免疫浸润调节因子群（MOTIF），揭示在同等水平TMB水平下诱导CD8+ T细胞浸润能力差异的原因。
- 文章链接：https://doi.org/10.1016/j.scib.2024.01.025
博文资讯¶
这篇文章是SHAP（SHapley Additive exPlanations）模型解释的详细教程，主要介绍了SHAP值在机器学习和深度学习模型中的应用，通过分配特征的重要性值来解释模型的预测结果，并提供了多种可视化方法和具体案例来展示SHAP在实践中的使用。
6、The Surprising Things That CSS Can Animate
此网站探讨了CSS动画的意外可能性，展示了一些通常不与动画关联的CSS属性如何被用来创建有趣的动画效果，包括z-index、text-transform、content和counter-increment等属性的动画化，以及如何通过这些动画技巧实现复杂的视觉效果和交互。
这篇文章将针对最新版本的KEGG数据库进行介绍，并教大家如何利用KEGG挖掘数据
工具¶
8、MEBOCOST-单细胞转录组建立代谢细胞-细胞通讯模型
MEBOCOST是一个基于python的计算工具，利用单细胞RNA-seq数据来推断代谢物，如脂质，介导的细胞间通讯事件。MEBOCOST包括一个人工管理的代谢物传感器合作伙伴数据库，并根据代谢物外流和流入的速率以及酶和传感器基因的表达水平分别定义发送和接收细胞。
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11、WPS-Zotero-一个用于与Zotero集成的WPS Writer插件
这个插件可以让你在Linux下写论文，再发给别人在Windows/MS Word下改，两边插入的引用可以共通（需要选择将引用存储为域）。
12、GPB | GP-Plotter：一款通用灵活的蛋白质组学质谱数据可视化工具
中国科学院大连化学物理研究所叶明亮研究员课题组发展了GP-Plotter这一可视化工具用于实现蛋白质组学质谱谱图的离子标注与图片输出。该软件可读取并展示常见鉴定工具的结果，也能实现对糖肽谱图的全面注释，并支持镜像谱图等多种显示模式。用户可以通过软件界面轻松修改图片展示的参数，并将标注谱图以矢量图等常见的图像格式输出，促进组学数据的分析与共享。 - 论文链接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39378133/
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