生信爱好者周刊（第 131 期）：2023诺贝尔生理医学奖给了mRNA疫苗技术，没有终身教职的她拿奖了¶
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本周话题：2023诺贝尔生理医学奖给了mRNA疫苗技术，没有终身教职的她拿奖了 ¶
2023年诺贝尔生理学或医学奖宣布授予德国生物技术公司BioNTech的卡塔琳·卡里科（Katalin Karikó）、美国宾夕法尼亚大学教授德鲁·魏斯曼（Drew Weissman），以表彰他们在核苷碱基修饰方面的发现，这些发现使得针对 COVID-19 的有效 mRNA 疫苗得以开发。
两位科学家的突破研究使得高效率的新冠mRNA疫苗得以被快速研发，也已凭此获得了多项大奖，包括2022年美国科学突破奖（Breakthrough Prize）、2021年拉斯克基础医学研究奖（The Lasker Awards）、2023年盖尔德纳奖等。
生信研究¶
空间转录组学是生命科学领域的重大突破,而CROST数据库的推出无疑是该领域的里程碑事件。这个由中国科学院北京基因组研究所主导开发的综合资源存储库,整合了来自8个物种、35种组织和56种疾病的1000多个高质量空间转录组数据集,并提供了全面的生物信息分析。CROST不仅方便研究人员访问海量数据,还提供交互式可视化分析环境和一站式分析平台,即使没有编程基础的用户也能轻松开展研究。它尤其有助于临床医生快速评估特定癌症基因的表达、甲基化和拷贝数变异情况,推动精准医疗发展。
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论文链接：https://doi.org/10.1093/nar/gkad782
瑞典Olink公司在《自然》杂志发表的三篇研究，利用Olink Explore平台在54,000名参与者样本中分析了3,000种蛋白标志物，揭示了14,000多个新的遗传关联，推动了大规模人群蛋白质组学研究。这些发现有助于识别生物途径，加速药物开发，促进精准医学的发展。Olink的技术平台因其高特异性和精确度，为多组学整合和生物标志物发现提供了重要工具。
- 论文链接：
- Sun et al. (2023) Plasma proteomic associations with genetics and health in the UK Biobank. Nature, DOI: 10.1038/s41586-023-06592-6
- Dhindsa et al. (2023) Rare variant associations with plasma protein levels in the UK Biobank. Nature, DOI: 10.1038/s41586-023-06547-x
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Eldjarnet al. (2023) Large-scale plasma proteomics comparisons through genetics and disease associations. Nature, DOI: 10.1038/s41586-023-06563-x
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Signal Transduction and Targeted Therapy丨这项研究为EBV阳性胃癌患者提供新的治疗方向
中山大学肿瘤防治中心徐瑞华教授团队在国际知名期刊STTT上发表重要研究成果，该研究团队通过动态单细胞测序技术，研究人员精细解析了EBV阳性和阴性胃癌免疫微环境的差异，发现EBV阳性胃癌具有更丰富的T、B细胞浸润，特别是ISG-15+CD8+T细胞亚群可预测更好的免疫治疗响应。研究还发现,LAG-3抑制剂可能是EBV阳性胃癌患者的潜在新靶点，这一发现已在临床试验中初步验证。该研究从细胞和分子水平阐明了EBV感染影响胃癌免疫治疗疗效的机制。
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论文链接：https://doi.org/10.1038/s41392-023-01622-1
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Nature Biotechnology | 基于分层图像特征提取的AI辅助新工具，可以超分辨率预测空间基因表达，实现更快速的癌症病理诊断
宾夕法尼亚大学李明瑶教授团队开发了一种名为iStar的AI辅助工具，可以超分辨率预测空间基因表达，实现更快速精准的癌症病理诊断，并发表在Nature Biotechnology上。iStar采用分层图像特征提取方法，捕获组织学图像的局部细胞结构和全局组织结构信息，并结合空间转录组学数据训练神经网络模型，以接近单细胞的分辨率预测未观察到的超分辨率基因表达。此外，iStar在多种肿瘤类型中展现出优异表现，能自动检测出肉眼难以识别的肿瘤细胞，有望辅助确定癌症手术切除范围。最后，iStar的计算速度比其他AI工具快200多倍。
- 论文链接：https://www.nature.com/articles/s41587-023-02019-9
博文资讯¶
本文通过图文结合介绍计算芯片如何从原始材料中被制作出来。
这篇文章讲述了JavaScript中的Promise对象，它用于简化异步编程。Promise有三种状态：Pending、Fulfilled和Rejected。文章解释了如何使用Promise进行链式调用和错误处理，并提供了一些最佳实践，强调了Promise在提高异步代码可维护性方面的重要性。
CNN是什么？美国有线电视新闻网吗？
每一个对AI抱有憧憬的小白，在开始的时候都会遇到CNN（卷积神经网络）这个词。但每次，当小白们想了解CNN到底是怎么回事，为什么就能聪明的识别人脸、听辨声音的时候，就懵了，只好理解为玄学。
好吧，维基百科解决不了的问题，有人给解决了。
这个名叫CNN解释器在线交互可视化工具，把CNN拆开了揉碎了，告诉小白们CNN究竟是怎么一回事，为什么可以辨识物品。
今天，很偶然地，当我觉得不再需要某个包时，终于祭出了 pip uninstall 命令。本以为它能够依然智能地查出那些曾经搭便车被安装到系统中的包，并加以清理。然而，没想到，它只删除了我所指定的那个包，全然忘记了其他那些依赖项的存在。
经翻查文档和询问ChatGPT，才发现人家 pip 就是这么设计的，管装不管卸，只要一经安装到系统，就“一视同仁”对待，并不区分是否来自搭便车。这可真要命！原来从我第一次运行 pip install XXX 起，Python环境就已无法保持整洁了……
所幸，会为这个问题烦恼的，并非我一个人。为此，有不止一个包，能够帮助解决这个问题。这些包大同小异，原理也差不多，这里就选择其中一个，pip-autoremove，来加以介绍。
工具¶
大家有没有遇到过这样的情况：你写了一个非常棒的命令行程序，但当你分享给朋友或同事时，他们却因为害怕命令行而不愿意使用？这时候，一个简洁美观的图形用户界面（GUI）就派上用场了。
今天我们来介绍一个神奇的Python库——Gooey，它能让你的命令行程序秒变图形界面，完全不用写繁琐的GUI代码！
Cirrocumulus可以读入多种单细胞、空间组学类型文件，交互式展示UMAP、dotplot、barplot等可视化结果。更重要的是，其不仅可以在本地运行，也可在云端展示数据，并通过分块读取单细胞数据，实现百万级单细胞数据集的秒加载。
bcbio-nextgen是一个社区驱动的生物信息学工具集，用于高通量的基因变异检测、RNA测序和小RNA分析。它通过一个配置文件实现自动化和并行处理，简化了从数据输入到分析的流程。该项目支持自动化验证和分布式计算，提供了安装脚本和文档，以促进研究人员专注于下游的生物学研究。
资源¶
本篇推文中，作者介绍了18个机器学习核心算法模型，并提供了每种算法模型的核心公式和代码。
comboSC是一个基于单细胞RNA-seq的个性化肿瘤联合治疗预测软件。它使用了大量来自CMAP和GDSC数据库的分子药物信息，可以基于癌症患者的单细胞测序数据，设计高效的免疫评分，用于个性化免疫谱评估。
历史上的本周¶
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