生信爱好者周刊（第 103 期）：取消论文发表硬性规定，读博变轻松了吗？¶
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封面图¶
本周话题：取消论文发表硬性规定，读博变轻松了吗？¶
取消发表论文的硬性要求，不是鼓励博士生不发论文，而是要打破“唯论文、唯数量”的怪圈，避免简单以学术论文发表数量代替学位论文撰写质量。“对学位论文质量的评价、把关要回归论文本身，引导博士生聚焦真问题、开展真研究、产出真成果”。
生信研究¶
1、Genome Biology|一种全新的线性泛基因组构建策略和分析流程（PSVCP）
1月26日，广东省农业科学院水稻研究所水稻分子育种团队在基因组学研究权威杂志Genome Biology（影响因子：17.9，中科院大区生物学一区）发表题为 “A pangenome analysis pipeline provides insights into functional gene identification in rice” 的研究论文。该研究创建了一种全新的线性泛基因组构建策略和分析流程（PSVCP），构建了一个新的水稻泛基因组，并对国际稻种资源进行基因组变异、演化和遗传分析，实现了水稻泛基因组研究的突破。
- 论文链接：https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-023-02861-9
2、Nature Communications| 多倍体杂草适应人类环境的快速进化机制
中国科学院分子植物科学卓越创新中心王佳伟研究组题在Nature Communications发表名为“Common evolutionary trajectory of short life-cycle in Brassicaceae ruderal weeds”的研究论文。该研究以十字花科多倍体杂草碎米荠(Cardamine occulta)为研究对象，通过基因组组装、群体进化分析、遗传学和分子生物学等手段，发现转录因子FLC (FLOWERING LOCUS C)的功能缺失以及蓝光受体CRY2 (CRYPTOCHROME 2)的持续激活型突变是C. occulta生命周期缩短、适应高干扰环境的遗传学基础，并进一步在另一种杂草蔊菜(Rorippa palustris)中发现CRY2具有类似的突变，提出了一条以“FLC-CRY2”为核心、进化上保守的十字花科杂草进化路径。
- 论文链接：https://www.nature.com/articles/s41467-023-35966-7
3、Cell | 发现母婴微生物群垂直传播新模式！母体和婴儿的肠道微生物共享基因
美国麻省理工学院、哈佛大学Broad研究所等机构的研究人员在Cell上发表了题为“Mobile genetic elements from the maternal microbiome shape infant gut microbial assembly and metabolism”的文章通过追踪70对母婴组合从妊娠后期到婴儿一岁期间微生物组和代谢组的数据，发现了大规模母婴可移动遗传元件的转移，主要涉及与饮食相关的适应性基因。该研究扩展了肠道微生物组垂直传播的概念，并为孕晚期和产后初期的母婴微生物组和代谢组的发展提供了原创性见解。
- 论文链接：https://doi.org/10.1016/j.cell.2022.11.023
博文资讯¶
本文介绍了同源重组缺陷及相关的生物学概念，以及如何下载和使用 TCGA HRD 数据。
- 同源重组修复（homologous recombination repair，HRR）是DNA双链断裂（double strand break，DSB）的首选修复方式。
- 同源重组修复缺陷（homologous recombination deficiency，HRD）通常指细胞水平上的HRR功能障碍状态，可由HRR相关基因胚系突变或体细胞突变以及表观遗传失活等诸多因素导致，常存在于多种恶性肿瘤中，其中在卵巢癌、乳腺癌、胰腺导管癌、前列腺癌等肿瘤中尤其突出。
- 杂合性缺失（loss of heterozygosity，LOH）:大于15 Mb且小于整个染色体长度的杂合性缺失；
- 端粒等位基因不平衡（telomeric allelic imbalance，TAI）:延伸到其中一个亚端粒但不超过着丝粒且大于11 Mb的等位基因不平衡的染色体片段；
- 大片段迁移（large-scale state transition，LST）:两个相邻区域（两个区域长度均大于等于10 Mb，且区域间距小于3 Mb）之间的染色体断裂位点，肿瘤基因组截断点的总数可以用来描述基因组的不稳定性。
早在 YouTube 存在以前，麻省理工学院教授吉尔伯特・斯特朗（Gilbert Strang）就已经是个著名的 YouTube 明星了，Strang 教授的研究重点是数学分析、线性代数和偏微分方程。他编写了有关线性代数、计算科学、有限元、小波、GPS 和微积分的多本教科书。大多数人都喜欢他讲课的话语，节奏，所有深入的内容都紧扣主题。Gilbert Strang 的教科书也是一代经典，用简单的示例就能让我们领会背后的知识。
程序可以由其他研究人员共享和利用，从而促进协作并推动该领域的发展。编程是生物信息学研究人员和从业者的一项基本能力，因为它可以提高他们的技能和生产力。本文介绍了2023 年生物信息学最值得学习的 10 种编程语言。
绘制物种分类树和相对丰富度饼图。
Triwise 是 saeyslab团队开发的 R 软件包，可以用于探索、分析和可视化三种生物条件下的基因表达变化。 官方说明文档见链接：https://zouter.github.io/triwise/index.html#introduction
工具¶
9、nest 框架
Nest是构建高效，可扩展的 Node.js Web 应用程序的框架。 它使用现代的 JavaScript 或 TypeScript（保留与纯 JavaScript 的兼容性），并结合 OOP（面向对象编程），FP（函数式编程）和FRP（函数响应式编程）的元素。
在底层，Nest 使用了 Express，但也提供了与其他各种库的兼容，例如Fastify，可以方便地使用各种可用的第三方插件。
10、cnn-convoluter ｜ 交互式 CNN 探索
方便学习和把玩 CNN 网络。
11、muscat | 多样本、多组单细胞 RNA 测序分析工具
muscat 包是用于分析多样本、多组、多亚群单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 数据中的差异状态工具包。通过上述分析可以进行：1.分析不同组织或细胞类型中的细胞类型分化; 2.分析不同药物或治疗方案对细胞的影响; 3.分析不同发育阶段或激活状态下的细胞。
- 论文链接：https://www.nature.com/articles/s41467-020-19894-4
资源¶
英特尔开源了一款面向开发者的新等宽字体 “ Intel One Mono ”，这是一种富有表现力的等宽字体系列，集清晰度、易读性和开发者视力保护于一体。 Intel One Mono 字体涵盖了 200 多种使用拉丁文字的语言，提供四种粗细 —— Light、Regular、Medium 和 Bold，并带有默认的斜体。
- 资源地址：https://github.com/intel/intel-one-mono
- Quick Start：
- https://www.overleaf.com/latex/templates/awesome-cv-cover-letter/hzvvsbxccjhz
- https://www.overleaf.com/latex/templates/awesome-cv/dfnvtnhzhhbm
历史上的本周¶
- 第63期：停止寻找的最佳时间
贡献者（GitHub ID）¶
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（完）